Геном человека содержит миллионы потенциальных цис-регуляторных элементов (cCRE). Изменение последовательности в цис -регуляторных элементах является основной причиной заболеваний человека. Прогнозирование функциональных эффектов изменения нуклеотидов в cCRE остается сложной задачей.
Над задачей широкомасштабного изучения регуляторной активности различных некодирующих элементов генома работала команда исследователей из университетов США, Японии, Германии и России при участии биоинформатиков из Института общей генетики РАН и Института белка РАН (команда Ивана Кулаковского).
В данной работе использовались массовые параллельные репортерные анализы на основе лентивируса (lentiMPRA) для проверки регуляторной активности более 680 000 последовательностей, представляющих обширный набор аннотированных cCRE среди трех типов клеток (HepG2, K562 и WTC11). Показано, что 41,7% этих последовательностей были активны. Используя данные lentiMPRA, разрабатывались основанные на этих последовательностях модели для прогнозирования функций cCRE, определения регуляторных мотивов и моделирования их комбинаторных эффектов. Тестирование библиотеки lentiMPRA, охватывающей 60 000 cCRE во всех трех типах клеток, дополнительно выявило факторы, определяющие специфичность каждого типа клеток.
Данная работа предоставляет обширный каталог функциональных цис-регуляторных элементов (CRE) в трех широко используемых клеточных линиях и показывает, как крупномасштабные функциональные измерения могут использоваться для анализа регуляторной грамматики.
Результаты работы оформлены в статью:
Vikram Agarwal, Fumitaka Inoue, Max Schubach, Dmitry Penzar, Beth K Martin, Pyaree Mohan Dash, Pia Keukeleire, Zicong Zhang, Ajuni Sohota, Jingjing Zhao, Ilias Georgakopoulos-Soares, William S Noble, Galip Gürkan Yardımcı, Ivan V Kulakovskiy, Martin Kircher, Jay Shendure, Nadav Ahituv. Massively parallel characterization of transcriptional regulatory elements. Nature, 2025. doi: 10.1038/s41586-024-08430-9.
По материалам данной статьи на портале PCRNEWS опубликован пресс-релиз «Активность регуляторных элементов в геноме человека научились точно предсказывать по их нуклеотидной последовательности».
Array
(
[und] => Array
(
[0] => Array
(
[value] =>
Геном человека содержит миллионы потенциальных цис-регуляторных элементов (cCRE). Изменение последовательности в цис -регуляторных элементах является основной причиной заболеваний человека. Прогнозирование функциональных эффектов изменения нуклеотидов в cCRE остается сложной задачей.
Над задачей широкомасштабного изучения регуляторной активности различных некодирующих элементов генома работала команда исследователей из университетов США, Японии, Германии и России при участии биоинформатиков из Института общей генетики РАН и Института белка РАН (команда Ивана Кулаковского).
В данной работе использовались массовые параллельные репортерные анализы на основе лентивируса (lentiMPRA) для проверки регуляторной активности более 680 000 последовательностей, представляющих обширный набор аннотированных cCRE среди трех типов клеток (HepG2, K562 и WTC11). Показано, что 41,7% этих последовательностей были активны. Используя данные lentiMPRA, разрабатывались основанные на этих последовательностях модели для прогнозирования функций cCRE, определения регуляторных мотивов и моделирования их комбинаторных эффектов. Тестирование библиотеки lentiMPRA, охватывающей 60 000 cCRE во всех трех типах клеток, дополнительно выявило факторы, определяющие специфичность каждого типа клеток.
Данная работа предоставляет обширный каталог функциональных цис-регуляторных элементов (CRE) в трех широко используемых клеточных линиях и показывает, как крупномасштабные функциональные измерения могут использоваться для анализа регуляторной грамматики.
Результаты работы оформлены в статью:
Vikram Agarwal, Fumitaka Inoue, Max Schubach, Dmitry Penzar, Beth K Martin, Pyaree Mohan Dash, Pia Keukeleire, Zicong Zhang, Ajuni Sohota, Jingjing Zhao, Ilias Georgakopoulos-Soares, William S Noble, Galip Gürkan Yardımcı, Ivan V Kulakovskiy, Martin Kircher, Jay Shendure, Nadav Ahituv. Massively parallel characterization of transcriptional regulatory elements. Nature, 2025. doi: 10.1038/s41586-024-08430-9.
По материалам данной статьи на портале PCRNEWS опубликован пресс-релиз «Активность регуляторных элементов в геноме человека научились точно предсказывать по их нуклеотидной последовательности».
[summary] =>
Геном человека содержит миллионы потенциальных цис-регуляторных элементов (cCRE). Изменение последовательности в цис -регуляторных элементах является основной причиной заболеваний человека. Прогнозирование функциональных эффектов изменения нуклеотидов в cCRE остается сложной задачей.
[format] => full_html
[safe_value] =>
Геном человека содержит миллионы потенциальных цис-регуляторных элементов (cCRE). Изменение последовательности в цис -регуляторных элементах является основной причиной заболеваний человека. Прогнозирование функциональных эффектов изменения нуклеотидов в cCRE остается сложной задачей.
Над задачей широкомасштабного изучения регуляторной активности различных некодирующих элементов генома работала команда исследователей из университетов США, Японии, Германии и России при участии биоинформатиков из Института общей генетики РАН и Института белка РАН (команда Ивана Кулаковского).
В данной работе использовались массовые параллельные репортерные анализы на основе лентивируса (lentiMPRA) для проверки регуляторной активности более 680 000 последовательностей, представляющих обширный набор аннотированных cCRE среди трех типов клеток (HepG2, K562 и WTC11). Показано, что 41,7% этих последовательностей были активны. Используя данные lentiMPRA, разрабатывались основанные на этих последовательностях модели для прогнозирования функций cCRE, определения регуляторных мотивов и моделирования их комбинаторных эффектов. Тестирование библиотеки lentiMPRA, охватывающей 60 000 cCRE во всех трех типах клеток, дополнительно выявило факторы, определяющие специфичность каждого типа клеток.
Данная работа предоставляет обширный каталог функциональных цис-регуляторных элементов (CRE) в трех широко используемых клеточных линиях и показывает, как крупномасштабные функциональные измерения могут использоваться для анализа регуляторной грамматики.
Результаты работы оформлены в статью:
Vikram Agarwal, Fumitaka Inoue, Max Schubach, Dmitry Penzar, Beth K Martin, Pyaree Mohan Dash, Pia Keukeleire, Zicong Zhang, Ajuni Sohota, Jingjing Zhao, Ilias Georgakopoulos-Soares, William S Noble, Galip Gürkan Yardımcı, Ivan V Kulakovskiy, Martin Kircher, Jay Shendure, Nadav Ahituv. Massively parallel characterization of transcriptional regulatory elements. Nature, 2025. doi: 10.1038/s41586-024-08430-9.
По материалам данной статьи на портале PCRNEWS опубликован пресс-релиз «Активность регуляторных элементов в геноме человека научились точно предсказывать по их нуклеотидной последовательности».
[safe_summary] =>
Геном человека содержит миллионы потенциальных цис-регуляторных элементов (cCRE). Изменение последовательности в цис -регуляторных элементах является основной причиной заболеваний человека. Прогнозирование функциональных эффектов изменения нуклеотидов в cCRE остается сложной задачей.
)
)
)
