Лаборатория биоинформатических и протеомных исследований
Оксана Валериановна Галзитская
Кандидат физико-математических наук с 1996 г.
Доктор физико-математических наук с 2006 г.
Руководитель группы с 2008 г.
Сотрудники
Основные научные достижения
В нашей группе впервые построена самая большая библиотека неструктурированных мотивов в банке белковых структур и создана база гомоповторов различной длины в белках и связь этих повторов с такими свойствами как амилоидогенность, или способность к агрегации, в разных 122 эукариотических и бактериальных протеомах (HRaP). Создана новая база ComSin, которая включает структуры белковых цепей в свободном и в связанном состоянии. Построен новый метод (IsUnstruct) для предсказания неструктурированных остатков по аминокислотной последовательности, основанный на модели Изинга, модели двух состояний, когда аминокислотный остаток может быть в двух состояниях: свернутом и развернутом. Построен сервер для предсказания защищенности аминокислотных остатков от водородно-дейтериевого обмена (H-Protection).
Нами была построена кинетическая схема, описывающая процесс амилоидообразования. Компьютерная симуляция показала, что модель адекватно описывает соответствующие стадии амилоидообразования. Было вычислено несколько дополнительных шкал, полученных из статистики белковых структур, для предсказания амилоидогенных участков по аминокислотной последовательности. Одна из шкал была использована как для предсказания амилоидогенных фрагментов по аминокислотной последовательности (FoldAmyloid), так и неструктурированных участков (FoldUnfold). Показано, что вовлечение в ядро сворачивания белка аминокислотных остатков из амилоидогенных участков происходит чаще, чем прочих аминокислотных остатков.
Нами впервые получена теоретическая оценка числа мономеров, входящих в ядро протофибриллы, в случае процесса амилоидообразования, происходящему по одному из возможных видов сценария: рост с поверхности, фрагментация и ветвление, используя экспериментальные данные кинетики образования амилоидных фибрилл от концентрации препарата. Для молекулы инсулина этот размер соответствует одному мономеру и процесс экспоненциального роста происходит по сценарию ветвления. При этом размер ядра вторичной нуклеации равен нулю
С помощью метода молекулярной динамики нами были исследованы механические свойства двух иммуноглобулинсвязывающих доменов белков L и G, которые имеют одинаковую пространственную структуру, но отличаются по аминокислотной последовательности. Исследование механических свойств белков L и G показало, что на пути механического разворачивания белков L и G появляются промежуточные состояния. При этом оказалось, что белок G более механически стабилен, чем белок L.
Недавно нами впервые построена уникальная структурная база пар белков термофил-мезофил. Сравнение белков из термофильных и мезофильных организмов показало, что первые имеют более плотно упакованную опушку (внешние остатки, доступные растворителю), чем вторые, а плотность упаковки внутренней части белка (остатков, недоступных растворителю) одинакова в обоих случаях.
С помощью метода Монте-Карло нами была получена оценка времени сворачивания глобулярных белков с известной пространственной структурой, которая хорошо согласуется с экспериментальными данными. Был проведен поиск оптимального соотношения между средней конформационной энтропией и средней энергией взаимодействия между остатками для быстрого сворачивания белков. Показано, что белки класса альфа/бета, по сравнению с равными по размеру белками других классов, - самые компактные и самые медленно сворачивающиеся. Показано, что безразмерные параметры, описывающие форму белка, плохо коррелируют со скоростями сворачивания белков, в то время как параметры, учитывающие и форму и размер белка, удовлетворительно предсказывают скорость сворачивания.
Нашей группой выявлены достоверные различия в деталях внутреннего строения одних и тех же белковых глобул, расшифрованных методами рентгеноструктурного анализа, с одной стороны, и ядерного магнитного резонанса – с другой.
Перспективы исследований
- Моделирование и изучение образования амилоидных фибрилл
- Изучение сворачивания молекул РНК
- Моделирование сворачивания белковых структур и предсказание скоростей сворачивания
- Статистический анализ и предсказание неструктурированных остатков в белковых структурах
- Предсказание функций неструктурированных участков в эукариотических протеомах
- 3D Реконструкция биологических объектов на основе электронно-микроскопических изображений
- Исследование механической стабильности белков клеточного матрикса
Yihan Dong, Ola Srour, Nina Lukhovitskaya, Joelle Makarian, Nicolas Baumberger, Oxana Galzitskaya, David Elser, Mikhail Schepetilnikov, Lyubov A Ryabova.
M. Y. Lobanov, M. V. Slizen, N. V. Dovidchenko, A. V. Panfilov, A. A. Surin, I V. Likhachev, O. V. Galzitskaya.
Oxana V. Galzitskaya, Sergei Y. Grishin, Anna V. Glyakina, Nikita V. Dovidchenko, Anastasiia V. Konstantinova, Sergey V. Kravchenko, Alexey K. Surin.
Alexander G. Bobylev, Elmira I. Yakupova, Liya G. Bobyleva, Nikolay V. Molochkov, Alexander A. Timchenko, Maria A. Timchenko, Hiroshi Kihara, Alexey D. Nikulin, Azat G. Gabdulkhakov, Tatiana N. Melnik, Nikita V. Penkov, Michail Y. Lobanov, Alexey S. Kazakov, Miklós Kellermayer, Zsolt Mártonfalvi, Oxana V. Galzitskaya, Ivan M. Vikhlyantsev.
Anna Y. Aksenova, Ilya V. Likhachev, Sergei Y. Grishin, Oxana V. Galzitskaya.
Victor Marchenkov, Elena Dubovitskya, Nina Kotova, Igor Tuchkov , Nina Smirnova, Natalia Marchenko, Alexey Surin, Vladimir Filimonov, Gennady Semisotnov.
Daniel V. Kachkin, Kirill V. Volkov, Julia V. Sopova, Alexander G. Bobylev, Sergei A. Fedotov, Sergei G. Inge-Vechtomov, Oxana V. Galzitskaya, Yury O. Chernoff, Aleksandr A. Rubel, Anna Y. Aksenova.
Stanislav Rimaso Kurpe, Irina Viktorovna Sukhovskaya, Ekaterina Vitalyevna Borvinskaya, Alexey Anatolievich Morozov, Aleksey Nikolaevich Parshukov, Irina Evgenyevna Malysheva, Alina Valeryevna Vasileva, Natalia Alexandrovna Chechkova, Tamara Yurevna Kuchko.
Galina L. Kogan, Elena A. Mikhaleva, Oxana M. Olenkina, Sergei S. Ryazansky, Oxana V. Galzitskaya, Yuri A. Abramov, Toomas A. Leinsoo, Natalia V. Akulenko, Sergey A. Lavrov, Vladimir A. Gvozdev.
Ilya V. Likhachev, Nikolay K. Balabaev, Oxana V. Galzitskaya.
Oxana V. Galzitskaya, Stanislav R. Kurpe, Alexander V. Panfilov, Anna V. Glyakina, Sergei Y. Grishin, Alexey P. Kochetov, Evgeniya I. Deryusheva, Andrey V. Machulin, Sergey V. Kravchenko, Pavel A. Domnin, Alexey K. Surin, Viacheslav N. Azev, Svetlana A. Ermolaeva.
Elena B. Rukavtsova, Valeriya V. Alekseeva, Sergey V. Tarlachkov, Natalia S. Zakharchenko, Alexander A. Ermoshin, Svetlana A. Zimnitskaya, Alexey K. Surin, Elena Y. Gorbunova, Viatcheslav N. Azev, Sergey S. Sheshnitsan, Konstantin A. Shestibratov, Yaroslav I. Buryanov.
Natalia Rudenko, Alexander Siunov, Anna Zamyatina, Bogdan Melnik, Alexey Nagel, Anna Karatovskaya, Marina Borisova, Anna Shepelyakovskaya, Zhanna Andreeva-Kovalevskaya, Alexander Kolesnikov, Alexey Surin, Fedor Brovko, Alexander Solonin.
Natalya Ryabova, Liliia Fakhranurova, Vitaly Balobanov, Victor Marchenkov, Anatoly Glukhov, Nelly Ilyina, Alexey Kochetov, Mariya Suvorina, Alexey Surin, Natalya Katina.
Anna V. Glyakina, Nikolai K. Balabaev, Oxana V. Galzitskaya.
Sergey V. Kravchenko, Pavel A. Domnin, Sergei Y. Grishin, Alexander V. Panfilov, Viacheslav N. Azev, Leila G. Mustaeva, Elena Y. Gorbunova, Margarita I. Kobyakova, Alexey K Surin, Anna V. Glyakina, Roman S. Fadeev, Svetlana A. Ermolaeva, Oxana V. Galzitskaya
S. R. Kurpe, S. Yu. Grishin, A .V. Glyakina, M. V. Slizen, A. V. Panfilov, A. P. Kochetov, A. K. Surin, M. I. Kobyakova, R. S. Fadeev, O. V. Galzitskaya.
Mikhail Yu. Lobanov, Leonid B. Pereyaslavets, Ilya V. Likhachev, Bakhyt T. Matkarimov, Oxana V. Galzitskaya.
Sergei Y. Grishin, Pavel A. Domnin, Sergey V. Kravchenko, Viacheslav N. Azev, Leila G. Mustaeva, Elena Y. Gorbunova, Margarita I. Kobyakova, Alexey K. Surin, Maria A. Makarova, Stanislav R. Kurpe, Roman S. Fadeev, Alexey S. Vasilchenko, Victoria V. Firstova, Svetlana A. Ermolaeva and Oxana V. Galzitskaya.
Marco Necci , Damiano Piovesan , CAID Predictors; DisProt Curators; Silvio C E Tosatto.
Collaborators: Md Tamjidul Hoque, Ian Walsh, Sumaiya Iqbal, Michele Vendruscolo, Pietro Sormanni, Chen Wang, Daniele Raimondi, Ronesh Sharma, Yaoqi Zhou, Thomas Litfin, Oxana Valerianovna Galzitskaya, Michail Yu Lobanov, Wim Vranken, Björn Wallner, Claudio Mirabello, Nawar Malhis, Zsuzsanna Dosztányi, Gábor Erdős, Bálint Mészáros, Jianzhao Gao, Kui Wang, Gang Hu, Zhonghua Wu, Alok Sharma, Jack Hanson, Kuldip Paliwal, Isabelle Callebaut, Tristan Bitard-Feildel, Gabriele Orlando, Zhenling Peng, Jinbo Xu, Sheng Wang, David T Jones, Domenico Cozzetto, Fanchi Meng, Jing Yan, Jörg Gsponer, Jianlin Cheng, Tianqi Wu, Lukasz Kurgan, Vasilis J Promponas, Stella Tamana, Cristina Marino-Buslje, Elizabeth Martínez-Pérez, Anastasia Chasapi, Christos Ouzounis, A Keith Dunker, Andrey V Kajava, Jeremy Y Leclercq, Burcu Aykac-Fas, Matteo Lambrughi, Emiliano Maiani, Elena Papaleo, Lucia Beatriz Chemes, Lucía Álvarez, Nicolás S González-Foutel, Valentin Iglesias, Jordi Pujols, Salvador Ventura, Nicolás Palopoli, Guillermo Ignacio Benítez, Gustavo Parisi, Claudio Bassot, Arne Elofsson, Sudha Govindarajan, John Lamb, Marco Salvatore, András Hatos, Alexander Miguel Monzon, Martina Bevilacqua, Ivan Mičetić, Giovanni Minervini, Lisanna Paladin, Federica Quaglia, Emanuela Leonardi, Norman Davey, Tamas Horvath, Orsolya Panna Kovacs, Nikoletta Murvai, Rita Pancsa, Eva Schad, Beata Szabo, Agnes Tantos, Sandra Macedo-Ribeiro, Jose Antonio Manso, Pedro José Barbosa Pereira, Radoslav Davidović, Nevena Veljkovic, Borbála Hajdu-Soltész, Mátyás Pajkos, Tamás Szaniszló, Mainak Guharoy, Tamas Lazar, Mauricio Macossay-Castillo, Peter Tompa.
Liya G. Bobyleva, Sergey A. Shumeyko, Elmira I. Yakupova , Alexey K. Surin, Oxana V. Galzitskaya, Hiroshi Kihara, Alexander A. Timchenko, Maria A. Timchenko, Nikita V. Penkov, Alexey D. Nikulin, Mariya Yu. Suvorina, Nikolay V. Molochkov, Mikhail Yu. Lobanov, Roman S. Fadeev, Ivan M. Vikhlyantsev, Alexander G. Bobylev.
Курпе СР, Гришин СЮ, Селиванова ОМ, Сурин АК, Галзитская ОВ.
Дерюшева ЕИ, Мачулин АВ, Селиванова ОМ, Гришин СЮ, Глякина АВ, Сурин АК, Галзитская ОВ.
Гришин С.Ю., Джус У.Ф., Селиванова О.М., Балобанов В.А., Сурин А.К., Галзитская О.В.
А. Г. Бобылёв, Э. И. Якупова, Л. Г. Бобылёва, О. В. Галзитская, А. Д. Никулин, С. А. Шумейко, Д. А. Юршенас, И. М. Вихлянцев
Sobolev E, Zolotarev S, Giewekemeyer K, Bielecki J, Okamoto K, Reddy HKN., Andreasson J, Ayyer K, Barak I, Bari S, Barty A, Bean R, Bobkov S, Chapman HN, Chojnowski G, Daurer BJ, Dorner K, Ekeberg T, Fluckiger L, Galzitskaya O, Gelisio L, Hauf S, Hogue BG, Horke DA, Hosseinizadeh A, Ilyin V, Jung C, Kim C, Kim Y, Kirian RA, Kirkwood H, Kulyk O, Kupper J, Letrun R, Loh ND, Lorenzen K, Messerschmidt M, Muhlig K, Ourmazd A, Raab N, Rode AV, Rose M, Round A, Sato T, Schubert R, Schwander P, Sellberg JA, Sikorski M, Silenzi A, Song CY, Spence JCH, Stern S, Sztuk-Dambietz J, Teslyuk A, Timneanu N, Trebbin M, Uetrecht C, Weinhausen B, Williams GJ, Xavier PL, Xu C, Vartanyants IA, Lamzin VS, Mancuso A, Maia
Martins PM, Navarro S, Silva A, Pinto MF, Sárkány Z, Figueiredo F, Pereira PJB, Pinhei-ro F, Bednarikova Z, Burdukiewicz M, Galzitskaya OV, Gazova Z, Gomes CM, Pastore A, Serpell LC, Skrabana R, Smirnovas V, Ziaunys M, Otzen DE, Ventura S, Macedo-Ribeiro S.
Kurpe S.R., Grishin S.Yu., Surin A.K., Panfilov A.V., Slizen M.V., Chowdhury S.D., Galzitskaya O.V.
Kurpe SR, Grishin SY, Surin AK, Selivanova OM, Fadeev RS, Dzhus UF, Gorbunova EY, Mustaeva LG, Azev VN, Galzitskaya OV.
Grishin SY, Deryusheva EI, Machulin AV, Selivanova OM, Glyakina AV, Gorbunova EY, Mustaeva LG, Azev VN, Rekstina VV, Kalebina TS, Surin AK, Galzitskaya OV.
Glyakina A.V., Surin A.K, Grishin S.Yu., Selivanova O.M., Suvorina M.Yu., Bobyleva L.G., Vikhlyantsev I.M., Galzitskaya O.V.
Финкельштейн А.В., Довидченко Н.В., Галзитская О.В.
Muranova, TA (Muranova, T. A.); Zinchenko, DV (Zinchenko, D. V.); Belova, NA (Belova, N. A.); Surin, AK (Surin, A. K.); Miroshnikov, AI (Miroshnikov, A. I.)
Litus EA, Kazakov AS, Sokolov AS, Nemashkalova EL, Galushko EI, Dzhus UF, Marchenkov VV, Galzitskaya OV, Permyakov EA, Permyakov SE.
Glyakina AV, Strizhov NI, Karpov MV, Dovidchenko NV, Matkarimov BT, Isaeva LV, Efimova VS, Rubtsov MA, Novikova LA, Donova MV, Galzitskaya OV.
Galzitskaya O.V., Grishin S.Y., Dzhus U.F., Selivanova O.M., Glyakina A.V., Deryusheva E.I., Machulin A.V., Suvorina M.Y., Surin, A.K.
Chalenko Ya., Kalinin E., Marchenkov V., Sysolyatina E., Surin A., Sobyanin K. and Ermolaeva S.
Galzitskaya OV, Surin AK, Glyakina AV, Rogachevsky VV, Selivanova OM.
Finkelstein AV, Dovidchenko NV, Galzitskaya OV.
Якупова Э.И., Вихлянцев И.М., Лобанов М.Ю., Галзитская О.В., Бобылёв А.Г.
Селиванова О.М., Глякина А.В., Горбунова Е.Ю., Мустаева Л.Г, Суворина М.Ю., Григорашвили Е.И, Никулин А.Д., Сурин А.К., Галзитская О.В.
Леонова Е.И., Галзитская О.В.
Е.И. Леонова, А.С. Солонин, О.В.Галзитская, Э.Р. Шайхутдинова, Э.Р., А.В. Лобанов, А.Н. Мурашев
Yakupova E.I., Vikhlyantsev I.M., Bobyleva L.G., Penkov N.V., Timchenko A.A., Timchenko M.A., Enin G.A., Khutzian S.S., Selivanova O.M., Bobylev A.G.
Fontanillas E., Galzitskaya O.V., Lecompte O., Lobanov M.Y., Tanguy A., Mary J., Girguis P.R., Hourdez S., Jollivet D.
Alexey K. Surin, Oxana V. Galzitskaya
Olga M. Selivanova, Alexey K. Surin, Tatyana S. Kalebina, Oxana V. Galzitskaya
Е.И. Леонова, А.С. Солонин, О.В.Галзитская, Э.Р. Шайхутдинова, Э.Р., А.В. Лобанов, А.Н. Мурашев
Nikita V. Dovidchenko, Olga M. Selivanova, Oxana V. Galzitskaya
Olga M. Selivanova, Oxana V. Galzitskaya
Fontanillas E, Galzitskaya OV, Lecompte O, Lobanov MY, Tanguy A, Mary J, Girguis PR, Hourdez S, Jollivet D.
Glyakina A.V., Balabaev N.K., Galzitskaya O.V.
Selivanova O.M., Glyakina A.V., Gorbunova E.Yu., Mustaeva L.G., Suvorina M.Yu., Grigorashvili E.I., Nikulin A.D., Dovidchenko N.V., Rekstina V.V, Kalebina T.S., Surin A.K., Galzitskaya O.V.
Olga M. Selivanova, Alexey K. Surin, Victor V. Marchenkov, Ulyana F. Dzhus, Elizaveta I. Grigorashvili, Mariya Yu. Suvorina, Anna V. Glyakina, Nikita V. Dovidchenko, Oxana V. Galzitskaya
Selivanova, OM; Grigorashvili, EI; Suvorina, MY; Dzhus, UF; Nikulin, AD; Marchenkov, VV; Surin, AK; Galzitskaya, OV
Galzitskaya O.
Galzitskaya O.V.
Oxana V. Galzitskaya, Nikita V. Dovidchenko, Olga M. Selivanova
Galzitskaya O.V., Leonova E.I., Dovidchenko N.V.
DovidchenkoN.V., GlyakinaA.V., Selivanova O.M., Grigorashvili E.I., Suvorina M.Y., Dzhus U.F., Mikhailina A.O., Shiliaev N.G., Marchenkov V.V., Surin A.K., Galzitskaya O.V.
Балабаев Н.К., Гарбузинский С.А., Галзитская О.В., Глякина А.В., Маткаримов Б.Т., Финкельштейн А.В.
Galzitskaya O.V., Dovidchenko N.V., Selivanova O.M., Suvorina M.Yu., Surin A.K., Finkelstein A.V.
Selivanova OM, Suvorina MY, Dovidchenko NV, Eliseeva IA, Surin AK, Finkelstein AV, Schmatchenko VV, Galzitskaya OV.
Dovidchenko N.V., Finkelstein A.V., Galzitskaya, O.V.
Fedechkin S.O., Brockerman J., Luna E.J., Lobanov M.Yu., Galzitskaya O.V., Smirnov S. L.
Bezsonov E.E., Groenning M., Galzitskaya O.V., Gorkovskii A.A., Semisotnov G.V., Selyakh I.O., Ziganshin R.H., Rekstina V.V., Kudryashova I.B., Kuznetsov S.A., Kulaev I.S. Kalebina T.S.
Мальцев А.В. , Довидченко Н.В. , Утешев В.К. , Соколик В.В. , Якушин М.А. , Соколова Н.М. , Сурин А.К. , Галзитская О.В.